Nikol Pekárková je odchovankyní FBC České Lípy. Zaregistrovaná do oddílu byla v roce 2008. Po šesti letech začala její hostování v nedalekém Liberci. Zde hostovala čtyři roky po sobě.

V roce 2018 přestoupila z České Lípy do Chodova. Zhruba měsíc po dojednání přestupu si zařídila střídavé starty do České Lípy. Jejím posledním českým angažmá byl klub Tigers Jižní město, kam měla domluvené hostování z Liberce až do konce června 2020. K prodloužení tuzemského působení zatím nedojde.

Nikol Pekárková totiž přestupuje do švýcarského UHV Skorpion Emmental. Pekárková vybojovala s juniorským ženským národním týmem v roce 2018 bronzovou medaili z mistrovství světa.