Lidé se tehdy začali zabydlovat v okolí tvrze, kterou Zdislav Berka z Dubé nechal v 16. století přestavět na zámek. Dnes stavbu známe jako státní zámek Zákupy.Původně však byly na území Zákup vsi dvě. V článku o historii města na webu Zákup se píše, že v jedné osadě žili zřejmě Češi, ve druhé Němci. I když se pak vesnice celkem brzy spojily v jedno městečko, mělo jak české, tak německé jméno.
Podle Karla Kuči český název Zákupy prošel během historie několika mutacemi. V písemnostech se můžeme dočíst o Zakupu, Zakrupu, Zákupí nebo Zakopech. Taktéž německé jméno prošlo vývojem. Přes Richinstat a Reichenstadt se dostalo až k nejmladšímu označení Reichstadt.
O rozvoj Zákup se postarali příslušníci hned několika slavných šlechtických rodů. Prvním z nich byli Berkové z Dubé. Kromě zámku začali ve městě se stavbou dnešního kostela sv. Fabiána a Šebestiána, kde se dodnes nachází jejich hrobka. Císař Rudolf II. v roce 1586 udělil Zákupům pečeť a potvrdil je jako město.
Morový sloup Nejsvětější trojice na náměstí nechala v roce 1708 postavit Anna Marie Františka, velkovévodkyně Toskánská. Za své letní sídlo si Zákupy v polovině 19. století zvolil císař Ferdinand V. Dobrotivý. Ten například nechal postavit zákupský klášter. Za jeho působení vznikl ve městě také první hasičský sbor v Rakousku-Uhersku, který je v Zákupech dodnes.
Nyní mají Zákupy asi 3000 obyvatel a několik místních částí jako je Božíkov, Brenná, Lasvice, Starý a Nový Šidlov, Veselí a Kamenice. V 80. letech 20. století k městu patřily také obce Velenice a Bohatice, oddělily se v roce 1990.